João Marcos, sobrinho de Barnabé, acompanhou Paulo e Barnabé na primeira viagem, mas os abandonou na metade do caminho (cf. At 13,13 "13. Paulo e os seus companheiros navegaram de Pafos e chegaram a Perge, na Panfília, de onde João, apartando-se deles, voltou para Jerusalém.') Quando Paulo convidou Barnabé para uma segunda viagem, este quis que João Marcos fosse junto outra vez (cf At 15,37 "37. Barnabé queria levar consigo também João, que tinha por sobrenome Marcos."). "Mas Paulo era de opinião que não se devia levar junto aquele que os havia abandonado na Panfilia e não os acompanhara no trabalho" (At 15,38). Foi aí que os dois brigaram e se separaram, um do outro, por causa de Marcos (cf. At. 15,38-40 "38. Paulo, porém, achava que não devia ser admitido quem se tinha separado deles em Panfília e não os havia acompanhado no ministério. 39. Houve tal discussão que se separaram um do outro, e Barnabé, levando consigo Marcos, navegou para Chipre. 40. Paulo, porém, tendo escolhido Silas, e depois de ter sido recomendado pelos irmãos à graça do Senhor, partiu. Ele percorreu a Síria, a Cilícia, confirmando as comunidades.").
Mais tarde houve a reconciliação. Paulo tornou-se, novamente amigo de Marcos e reconheceu o valor dele para o anuncio do Evangelho, pois ele escreve a Timóteo: "Procure Marcos e traga-o com você, porque ele pode ajudar-me no ministério"(2Tm 4,11). E na primeira carta aos corintios, Barnabé é lembrado como companheiro fiel e exemplar de Paulo (cf. 1Cor 9,6).
